Wybudowano go nad brzegiem Wilii, od której dziś świątynia jest oddzielona Antakalnio gatvė (ul. Antokolska). Kościół śś. Piotra i Pawła jest jednym z najstarszych Wilnie, gdyż jako pierwszy drewniany kościół na Antokolu powstał prawdopodobnie już za czasów Jagiełły. Tradycyjna w takim przypadku legenda głosi, że świątynię wzniesiono w miejscu praktyk pogańskich sprzed chrztu Litwy. Na Antokolu prawdopodobnie oddawano cześć pogańskiej bogini miłości Mildzie.
Budowę kościoła w obecnej postaci zainicjował Michał Kazimierz Pac. Budowę świątyni rozpoczęto w 1668 r., prawdopodobnie jako wyraz ślubowania słynnego hetmana złożonego w obliczu zagrożenia własnego życia. Przy budowie kościoła śś. Piotra i Pawła został zatrudniony krakowski architekt Jan Zaor. Wzniesiona na wzór bazyliki watykańskiej świątynia była położona wtedy daleko poza granicami ówczesnego miasta. Została więc otoczona murem, na którego bokach zbudowano cztery baszty-kaplice. Fundator kościoła pochowany został pod progiem świątyni, a na jego grobie położono płytę z napisem: „Hic jacet peccator”, czyli „Tu leży grzesznik”.
Dziś, nazywana „perłą litewskiego baroku” świątynia należy do najcenniejszych zabytków na Litwie. Zwiedzający mogą podziwiać stricte barokową fasadę z dwiema niewysokimi wieżami oraz portalem zdobionym antycznymi kolumnami, puttem, rodowym herbem Paców i szerokimi pasmami gzymsów. Nad dekoracyjnym balkonem i oknem umieszczono łaciński napis: Regina Pacis funda nos in pace (Królowo Pokoju, zachowaj nas w pokoju), który wydaje się jest pomyślany, jako gra słów, nawiązująca do nazwiska fundatora świątyni.
Wnętrze kościoła jest niezwykle bogatym w zdobienia. Ściany i sklepienia świątyni są wręcz usiane stiukowymi dekoracjami, białymi ornamentami, obrazami i rzeźbami. Kompozycji figuralnych jest w świątyni ponad 2000. Na szczególną uwagę zasługuje zwisający z kopuły żyrandol, który, podobnie jak ambona, ma kształt piotrowej łodzi. Tak bogaty wystrój wnętrza, gdzie udało się pogodzić monumentalność z lekkością wykonania jest w dużym stopniu zasługą włoskich rzeźbiarzy Jana Baretto i Mikołaja Piano sprowadzonych do Wilna specjalnie z Mediolanu. Kościół śś. Piotra i Pawła znajduje się przy Antakalnio gatvė 1 (ul. Antokolska).