Nie jest znana dokładna data budowy pierwszego otyńskiego kościoła. Najstarsza wzmianka o nim pochodzi z 1332 r. Otyń od dobrych paru lat posiadał już prawa miejskie (aż do 1945 r.), pewnie więc z tej racji powstała nowa, jednonawowa świątynia z prostokątnym prezbiterium. Pierwszy raz przebudowano ją na początku XVI w., kiedy przeszła we władanie protestantów. Po raz drugi zmieniła wygląd na skutek remontu po pożarze. Miało to miejsce w latach 1585 – 87.
Po kilkudziesięciu latach, po przejęciu kościoła od protestantów, w trakcie jego przebudowy do zachodniej fasady dobudowano czworokątną wieżę. Kolejny pożar (1702), kolejna odbudowa oraz prace remontowe prowadzone na przestrzeni XIX i XX w. spowodowały, że ta późnogotycka budowla nie ma już dziś wyraźnie zarysowanych cech stylowych. Głośno było o niej, kiedy w sierpniu 2012 r. runęła spora część remontowanej właśnie wieży kościoła. Na szczęście obeszło się bez ofiar. W niecałe dwa lata została odbudowana i świątynia odzyskała dawny blask.
We wnętrzu znajduje się barokowe wyposażenie. Zwracają też uwagę empory, z trzech stron otaczające nawę główną. Najcenniejszym zabytkiem jest jednak piętnastowieczna, uznana za cudowną figura Madonny z Dzieciątkiem zwana Madonną Klenicką. Do jezuickiego opactwa w Otyniu trafiła w 1656 r. ze znajdującej się po drugiej stronie Odry Klenicy. Tam – zgodnie z legendą – wręczyła ją ubogiej pasterce sama Matka Boża, ostrzegając przed nadchodzącymi ciężkimi czasami i nakłaniając do żarliwych modłów.
Figurkę umieszczono początkowo na dębie, później zbudowano dla niej drewnianą kaplicę, a ok. 1450 r. przeniesiono do miejscowego kościoła. Kiedy nadeszły zapowiadane ciężkie czasy w postaci potopu szwedzkiego, w obawie przed profanacją oddano figurę pod ochronę zakonnikom z Otynia. Pozostała tutaj do dzisiejszego dnia.
8 grudnia 2005 kościół parafialny pw. Podwyższenia Krzyża Świętego podniesiony został do rangi sanktuarium a trzy lata wcześniej (2002) reaktywowano zwyczaj corocznego pielgrzymowania z Madonną do Klenicy. Zwyczaj ten istniał od 1655 r, do zakończenia I wojny światowej.
Informacja:
Warto obejść kościół dookoła. Na jego zewnętrznych ścianach można podziwiać zabytkowe płyty epitafijne.