W XVII wieku wybudowano we wsi drewniany zbór luterański. Nie to było ważne, że Lipnicę zamieszkiwało 90 % katolików ale to, że fundatorzy, właściciele wsi z rodu Thurzo byli ewangelikami. Kościół ten stał obok obecnej świątyni na placu, na którym teraz znajduje się parking. W połowie XVIII wieku wzniesiono obecny kościół, poświęcony w roku 1769, z inicjatywy księdza Wojciecha Zubrzyckiego.
Legenda podaje, że kościół ten wybudowano z odnalezionych skarbów zbójnickich oraz pieniędzy uzyskanych ze sprzedaży drewnianego kościoła - do wsi Chyżne. Murowany, późnobarokowy, kościół w Lipnicy Wielkiej jest budowlą orientowaną, jednonawową, z mniejszym prezbiterium, do którego przylega zakrystia. Prezbiterium od nawy oddziela łuk tęczowy.
Polichromia figuralna ścian i sklepień jest dziełem z XX wieku. Frontową ścianę stanowi kwadratowa wieża z baniastą kopułą i wysmukłą latarnią. Kościół nakrywa dwuspadowy dach z niewielką sygnaturką. Patronem Lipnicy Wielkiej i kościoła jest św. Łukasz Ewangelista. W pobliskich Kiczorach na przełomie lat 60 i 70 - tych XX wieku, pomimo utrudnień powodowanych przez komunistyczne władze społeczeństwo wybudowało parafialną kaplicę mszalną p.w. M.B. Częstochowskiej.
Kościół w Lipnicy Wielkiej i budowaną jeszcze kaplicę w roku 1971 odwiedził kardynał Karol Wojtyła