Świątynia wzniesiona została w połowie XIV w. z fundacji króla Kazimierza Wielkiego. W XV i XVI w. dobudowano do niej boczne kaplice. Po uszkodzeniach spowodowanych pożarem miasta w 1638 roku, kościół został gruntownie przebudowany, a wystrój wnętrza zmieniono z gotyckiego na manierystyczne i wczesnobarokowe. Większość prac wykonano dzięki ofiarności krośnieńskiego proboszcza - księdza Kaspra Rożyńskiego oraz rajcy krośnieńskiego Wojciecha Portiusa.
Wnętrze kościoła farnego uchodzi powszechnie za jedno z najbogatszych i najlepiej zachowanych sakralnych wnętrz w Małopolsce. Z XV-wiecznego wyposażenia świątyni zachowały się: gotycka grupa Pasji z około 1420 r. oraz tablicowy obraz Koronacja Marii z ok. 1480 r. Z XVII-wiecznego wyposażenia świątyni na szczególną uwagę zasługują:
-
ołtarz główny pochodzący z lat 30 XVII wieku, z obrazem Adoracja Trójcy Świętej i Matki Boskiej przez wszystkich świętych,
-
renesansowo-manierystyczne stalle mansjonarskie zdobione malowidłami przedstawiającymi świętych oraz sceny biblijne,
-
zespół dwudziestu kilku monumentalnych obrazów sztalugowych na ścianach i filarach świątyni, wykonanych przez krośnieńskich malarzy wykształconych w warsztacie Tomasza Dolabelli,
-
manierystyczna ambona zwieńczona pięknym baldachimem w kształcie wysmukłej latarni,
-
cynowa chrzcielnica, wsparta na trzech leżących lwach, ufundowana przez Wojciecha Portiusa,
-
stalle radzieckie - bogato zdobione ławy, w których zasiadali rajcy miejscy,
-
ławka kolatorska Wojciecha Portiusa i jego żony Anny.
W sąsiedztwie kościoła farnego jest usytuowana wieża dzwonnica. Wybudowana została w latach 1637-1651, z fundacji Wojciecha Portiusa. Wewnątrz wieży mieszczą się trzy dzwony: "Urban", "Jan" i "Marian". Warto nadmienić, że "Urban" zaliczany jest do największych zabytkowych dzwonów w Polsce. Na wieży znajduje się również zegar, wykonany w Pierwszej Krajowej Fabryce Zegarów Wieżowych Michała Mięsowicza. Nakryta baniastym hełmem wieża jest najbardziej charakterystycznym elementem panoramy miasta, z której codziennie w południe rozbrzmiewa hejnał.