Budowę kaplicy na polu słynnej bitwy rozpoczęli Krzyżacy w 1411 r. Jej ruina dokładnie pozwala ustalić miejsce walk, stoczonych tu 14 lipca 1410 r. Kaplicę zbudowano dla uczczenia pamięci poległych; stanęła na określonym intencyjnie miejscu. Uczeni przypuszczają, że mogło to być miejsce śmierci wielkiego mistrza, Ulricha von Jungingen.
Mocą bulli papieskiej z 6 października 1412 roku kaplica otrzymała przywileje odpustów dla odwiedzających i wspomagających materialnie. Poświęcenie kaplicy nastąpiło 13 marca 1413 r. W 1414 r., podczas kolejnej wojny polsko-krzyżackiej, budynek strawił pożar. Wkrótcego odbudowano i wyposażono wnowe przedmioty liturgiczne, na co dowodem jest spis sporządzony 22 listopada 1416 r. przez zakonnego kapłana Jana Keselinga. Natomiast inwentarz z roku 1422 jest pierwszym źródłem, mówiącym o istnieniu probostwa na pobojowisku grunwaldzkim.
Kaplica była miejscem licznych pielgrzymek, również z ziem polskich. Świadczą o tym znalezione w ruinach monety pochodzące m. in. z czasów Władysława Jagiełły i Kazimierza Jagielończyka, składane jako ofiary przez pątników. Umieszczony w kaplicy, słynący z cudów obraz Matki Bożej, przyciągał znaczną liczbę pielgrzymów, którymi zajmowało się siedmiu księży i trzech diakonów. W latach trzydziestych XVI wieku, w okresie reformacji, pola uprawne którymi kaplica była uposażona zostały przejęte przez księcia Albrechta. Księża katoliccy musieli opuścić kaplicę i budowla zaczęła popadać w ruinę. Jej zrujnowany stan potwierdzają zapisy z końca XVI w. Dzieła zniszczenia dokonali też Tatarzy w XVII w., co było powodem wybudowania nowego kościoła w Stębarku w 1681 r.
W roku 1720 władze pruskie poleciły rozebrać ruinę, aby wten sposów zmniejszyć zainteresowanie pielgrzymujących i zlikwidować niekoncesjonowany handel podczas odpustów. W 1798 r. właściciel majątku w Stębarku, Albrecht von Brandt, chciał odbudować świątynię,ale nie otrzymał zgody od władz pruskich. W 1901 r. na ruinie postawiono pomnik , poświęcony poległemu w bitwie grunwaldzkiej, wielkiemu mistrzowi, przenosząc w tym celu leżący nieopodal "kamień Jagiełłowy" (zwany też "królewskim").
W latach 1959-1982 przeprowadzono w obrębie ruiny badania archeologiczne, odkrywając dwa groby zbiorowe mężczyzn ze śladami okaleczeń bitewnych, zachowały się też groty bełtów kuszy. W najbliższym otoczeniu kaplicy odkryto trzy skupiska szczątków kości ludzkich, przeniesionych do miejsca poświęconego w XV-XVI wieku z innych pochówków na polach grunwaldzkich.