Naukę Lutra do Księstwa Cieszyńskiego „przynieśli” studenci uczęszczający na uniwersytety zachodnie oraz kupcy i rzemieślnicy, którzy wędrowali przez te tereny. Stała się modna i miejscowa szlachta przyjęła ją, propagując wśród poddanych.
W Międzyrzeczu ewangelicyzm sięga korzeniami do okresu reformacji, kiedy większość mieszkańców przyjęła to wyznanie. Wprowadzenie religii wiąże się z wybudowanym w 1522 r. drewnianym kościołem pw. św. Marcina, który w latach 1715-1777 znajdował się w rękach ewangelików i był ostoją tej wiary na ziemi międzyrzeckiej. Wydany w 1781 r. przez cesarza austriackiego Józefa II Patent Tolerancyjny spowodował, że na Śląsku w wielkim tempie powstawały zbory ewangelickie, które myśląc o samodzielności, rozpoczęły budowę własnych kościołów.
W 1863 r. w Międzyrzeczu Górnym pozyskano działkę pod budowę kościoła, plebanii i szkoły ewangelickiej. Rok później nastąpiło uroczyste poświęcenie kamienia węgielnego, a w listopadzie 1866 r. uroczystość poświęcenia nowo oddanej do użytku świątyni.
Świątynię zbudowano w stylu neogotyckim z wyposażeniem neobarokowym. Wewnątrz znajdował się XIX-wieczny drewniany, biały z pozłacanymi elementami ołtarz, w którego centralnym punkcie umieszczono przedstawiający Ostatnią Wieczerzę obraz olejny. Wyposażony został w zakupione w firmie Kuttlera z Opawy organy siedemnastogłosowe o charakterystycznym dźwięku oraz umieszczony na wieży czterotarczowy zegar.
Do rozpoczęcia II wojny światowej nabożeństwa odbywały się przemiennie w języku polskim i niemieckim, co miało zacierać różnice między społecznościami. Temu celowi służyło również utworzenie Związku Młodzieży Ewangelickiej, powstanie chóru i biblioteki parafialnej.
Nieszczęścia II wojny światowej nie ominęły kościoła i podczas działań w 1945 r. poważnie uszkodzono wieżę, dach, a także część budowli. Mimo że w czasie okupacji wielu ewangelików wyjechało z Międzyrzecza, to bezpośrednio po wojnie powrócili i podjęli odbudowę zniszczonej świątyni.
Pożar katolickiego drewnianego kościoła św. Marcina, który zniszczył tą zabytkową świątynię w 1993 r., miał ogromny wpływ na wzajemne stosunki między zamieszkującymi Międzyrzecze katolikami i ewangelikami. Wpłynął na skonsolidowanie parafian obu wiar.
Z inicjatywy proboszcza ewangelickiego użyczono świątynię na cele religijne wyznawcom Kościoła rzymskokatolickiego, którzy przez okres siedmiu lat (do czasu oddania Kościoła katolickiego) wykorzystywali świątynię ewangelicką do własnych praktyk religijnych.