Początki Muzeum Archidiecezjalnego w Warszawie sięgają okresu przed wybuchem II wojny światowej. Utworzono je w latach 1938-1939, a jego pierwsza siedziba znajdowała się w budynku przy Archikatedrze św. Jana. Zgromadzo w nim zbiory sztuki sakralnej z zakresu malarstwa, rzeźby, numizmatyki, medalierstwa oraz złotnictwa. W czasie okupacji działalność muzeum została zawieszona, a w okresie powojennym przez długi czas nie reaktywowano placówki. Dopiero w 1978 r. w wyniku inicjatywy prymasa kard. Stefana Wyszyńskiego wznowiono funkcjonowanie kościelnego muzeum. Na jego siedzibę wybrano barokowy budynek klasztoru potrynitarskiego przy ulicy Solec.
Dziś przy wejściu do muzeum znajduje się tablica poświęcona prymasowi. W 2011 r. przy okazji remontu Archikatedry św. Jana podjęto decyzję o remoncie Pałacu Dziekana przy ulicy Dziekania z przeznaczeniem go na siedzibę Muzeum Archidiecezji. Dzięki temu placówka będzie bardziej dostępna zwiedzającym niż obecnie leżąca z dala od głównych szlaków turystycznych stolicy.