Jest to najstarszy pułtuski kościół (pierwotnie drewniany), ufundowany przez biskupa płockiego Szymona w XII wieku. Pierwsza wzmianka o nim znajduje się w dokumencie Konrada Mazowieckiego (z roku 1203, wg innych źródeł lata 30-te XIII w.), potwierdzającym uposażenie biskupstwa płockiego „Codex diplomations et commemorationum Masoviae generalis. Zbiór ogólny przywilejów i wspominków mazowieckich”. W dokumencie tym jest też zapis o innej pułtuskiej świątyni, kościele Św. Marii Magdaleny, zburzonym przez Szwedów w czasie potopu. Dziś jest niewielka kaplica filialna pułtuskiej kolegiaty.
Konieczną jest tu informacja, że w wyniku badań archeologicznych prowadzonych na terenie ruin kościoła w latach 60-tych i 70-tych XX w. stwierdzono, że pierwszą świątynię wzniesiono na przełomie wieków XIV i XV. Archeolodzy zastrzegli jednak, iż ze względu na istniejący wokół kościoła w wiekach XVII i XVIII cmentarz oraz budowę kościoła murowanego (rozbiórka drewnianego), jakiekolwiek ślady kościoła drewnianego zostały zatarte. Warto też dodać, iż w przeciągu dwóch stuleci: XIII i XIV, Pułtusk był wielokrotnie celem najazdów (w 1368 r. Litwini pod przywództwem Kiejstuta zniszczyli pół miasta, zdobyli gród obronny, zaś jego załogę wycięli w pień) i padał ofiarą pożarów. Adnotacje o niszczeniu kościołów powtarzają się w wielu źródłach.
Przedmiotowe prace archeologiczne przyniosły również odkrycie na Starym Mieście, w okolicach kościoła Najświętszej Maryi Panny, pozostałości osady z VII-VIII w. oraz ślady grodu z XII-XIII w. Pierwotny drewniany budynek kościoła, ulegał także dewastacji, ale odbudowywano go najpewniej na tym samym miejscu lub w pobliżu. Fundacja kościoła ze znacznym uposażeniem świadczy o randze i zamożności znajdującej się w pobliżu osady targowej.
Na przełomie wieków XIV i XV, wzniesiono kościół murowany. Kolejną świątynię wzniesiono w pierwszej połowie wieku XVI, prawdopodobnie z fundacji słynnego Erazma Ciołka. Dwukrotnie – pod koniec wieku XVII i sto lat później, pod koniec wieku XVIII – przebudowywano go i przekształcano. Warto tu wspomnieć, iż obok kościoła Panny Marii istniał drewniany kościół p.w. św. Piotra (wymieniany w dokumentach z początku XVI w.), rozebrany w roku 1610. W okresie zaborów, rządzący Pułtuskiem Prusacy, na początku wieku XIX, urządzili w nim magazyn. W połowie tegoż stulecia, budynek zakupiła gmina ewangelicka i przebudowała na kościół protestancki, który funkcjonował do roku 1944, kiedy to został zniszczony przez Niemców.
Odbudowany w latach 1978-85 przez Archiwum Państwowe miasta stołecznego Warszawy, które to od 34 lat jest jego właścicielem, służy do przechowywania materiałów archiwalnych z powiatów: ostrołęckiego, przasnyskiego, makowskiego, ostrowsko-mazowieckiego, wyszkowskiego, pułtuskiego i gminy Nasielsk. O dawnych funkcjach sakralnych świadczyć może architektura budynku, a zwłaszcza posiadająca elementy barokowe, fasada kościoła. Budynek znajduje się przy ulicy Zaułek 22, ok. 100 metrów od dworca PKS w kierunku wschodnim.