Pierwszą świątynię w miejscu obecnego kościoła wznieśli Ojcowie Bernardyni z drewna dębowego w 1461 r. Obecna - Nawrócenia św. Pawła Apostoła - murowana z cegły i wapienia, została wybudowana w latach 1473-1497. Budowla nosiła cechy stylu gotyckiego. Uległa ona znacznemu zniszczeniu podczas pożarów w 1557 i 1602 r., po którym kościół przebudowano.
Obiekt stracił swój pierwotny charakter gotycki, otrzymał zaś renesansowe wnętrze i bryłę zbliżoną do dzisiejszej (gotyckie mury zachowały się częściowo w ścianach prezbiterium i naw bocznych). Przedłużono prezbiterium i o jedno przęsło korpus naw bocznych. W następnych wiekach kościół był kilkakrotnie remontowany. Ważniejsze remonty miały miejsce w 1755, 1762, 1783 oraz 1790 r. Na przełomie XVIII i XIX w. rozebrano 5 kaplic (ocalała jedna istniejąca do dziś). W następnych latach zmodernizowano fasadę kościoła (1827 r.) i bryłę całego obiektu w jej zewnętrznym wyglądzie (lata 1850-1860). W ostatnich latach cały kompleks sakralny został pokryty miedzianą blachą, a w 2005 r. została odnowiona elewacja kościoła.
Kościół przy Bernardyńskiej jest jednocześnie Sanktuarium św. Antoniego – patrona Lublina. To tutaj znajduje się cudowny obraz z jego wizerunkiem oraz relikwie, podawane do ucałowania wiernym po liturgii Mszy Św. Wotywnej ku jego czci. W mensie jednego z bocznych ołtarzy z - także cudownym - obrazem św. Walentego również znajdują się relikwie. Umieszczono je w szklanej trumience, ponieważ jest ich naprawdę dużo (w tym spory fragment kości czaszki). Mimo, że w niewyjaśnionych okolicznościach zaginęła odnosząca się do nich dokumentacja, uważane są za szczątki św. Walentego. Gdyby udało się odnaleźć zaginione dossier, świątynia szczyciłaby się największym zbiorem relikwii patrona zakochanych w całej Europie. 14 dnia każdego miesiąca odbywają się tu msze o miłość, a w dniu patrona (Walentynki) - ze specjalnym błogosławieństwem narzeczonych.
Cząstka relikwii św. Walentego znajduje się także w lubelskim kościele św. Mikołaja na Czwartku .
Warto wiedzieć: Obraz św. Antoniego Padewskiego - patrona Lublina zawieszony jest także na Bramie Krakowskiej . Kult św. Antoniego wprowadzili w mieście bernardyni. Na bramie (od strony Starego Miasta) powieszono go już w XVII w.