Wieś Pelplin nadał cystersom w 1274 roku Mściwoj II. Po 1283 siedziba opactwa leżała w granicach państwa zakonnego. Potwierdzenia praw do ziemi i klasztoru dokonał wielki mistrz Karol z Trewiru. W XV wieku klasztor został zniszczony i rozgrabiony podczas najazdu husytów i wojny trzynastoletniej. Od 1464 r. opiekę nad opactwem objął król Kazimierz Jagiellończyk, potwierdzając wszystkie wcześniej nadane przywileje. Duże zasługi w rozwoju klasztoru i w budowie kościoła położył opat Leonarda Rembowski. Za jego rządów powstał nowy barokowy wystroju kościoła klasztornego. Po sekularyzacji majątku przez króla pruskiego Fryderyka II klasztor powoli tracił na znaczeniu. W 1810 r. wydano zakaz przyjmowania nowicjuszy. Ostatnim szesnastu mnichom przyznano dożywotnie renty. Klasztor zlikwidowano w 1823 r.
W rozbudowanym klasztorze umieszczono Seminarium Duchowne i Collegium Marianum, założone w 1836 r., dzisiejsze męskie Liceum Katolickie. W samej architekturze klasztoru nastąpiły duże zmiany, trzy skrzydła klasztorne uległy wielokrotnym przekształceniom. Obecny stan pochodzi z lat 1859-1868. Najbardziej zmieniono układ skrzydła zachodniego. Najbardziej niezmienione pozostało skrzydło południowe, w którego pięknych krużgankach możemy obejrzeć wiele starych malowideł. Do najstarszych, najbardziej znanych należą: freski ze sceną umywania nóg, oraz ukrzyżowania. Malowidła te mogą pochodzić z końca XIV wieku. W XVIII wieku umieszczono na ścianach obrazy olejne ze scenami ze Starego i Nowego Testamentu.
Po cystersach w Pelplinie pozostały także m. in.: śluza na rzece Wierzyca, młyn i spichlerz, oraz budynek, w którym obecnie mieści się Centrum Informacji Turystycznej. (wiadomości do artykułu zaczerpnięte z opracowania „Szlak cysterski w Polsce”, http://www.szlakcysterski.org/?pokaz=obiekty_cysterskie&id=28)