Tradycje papiernictwa w Jeziornej, stanowiącej dziś część miasta Konstancin-Jeziorna sięgają XVIII wieku. Wtedy to baron Jan Kurtz przedstawił królowi Stanisławowi Augustowi Poniatowskiemu ideę zbudowania nad Jeziorką zakładu produkującego papier. W ten sposób powstała pierwsza na Mazowszu papiernia produkująca papier na masową skalę. Specjalnością fabryki był papier czerpany, którego jakość sprawiła, że na nim wydrukowano dokumenty Sejmu Czteroletniego oraz tekst Konstytucji 3 Maja.
W drugiej połowie XIX wieku bankier i przemysłowiec warszawski Edward Natanson był współzałożycielem Akcyjnego Towarzystwa Mirkowskiej Fabryki Papieru w Jeziornej. Dla spółki wzniesiono nową fabrykę wraz z infrastrukturą mieszkalną. Wraz z powiększaniem się liczby mieszkańców osiedla pracowniczego powstał zamysł wzniesienia kościoła, który miałby służyć zarówno im, jak i mieszkańcom okolicznych wiosek. Inicjatorem budowy był ówczesny proboszcz parafii w Słomczynie ks. Wincenty Tymieniecki. Potrafił przekonać do pomysłu nie tylko pracowników Mirkowa, ale także właścicieli papierni.
Plac pod budowę świątyni oddał zarząd fabryki, który wspierał inwestycję również finansowo. Po dwóch latach od położenia kamienia węgielnego w 1907 r. kościół oddano do użytku. Neogotycki obiekt zaprojektowany przez Hugona Kudera był przez kilkadziesiąt lat kościołem filialnym, dopiero w 1957 r. erygowana została samodzielna parafia w Jeziornie Fabrycznej, której nadano patronat św. Józefa Oblubieńca NMP.
W 2009 r. kościół nad kanałem Jeziorki obchodził 100-lecie istnienia, co stanowiło okazję do jego odnowienia. Kościół najładniej prezentuje się od strony Łęg Oborskich.