Ząbki swoją genezą sięgają XVI w. Nosiły wówczas nazwę Wola Zambkowska i były wsią królewską. Obecną nazwę otrzymały w 1580 r., w XIX i na początku XX w. należały do rodziny Ronikierów. Chociaż na przestrzeni wieków miejscowość rozwijała się, to dopiero przyspieszony rozwój w latach 60. XX w. stał się przyczynkiem do nadania Ząbkom praw miejskich. Miało to miejsce w 1967 r.
Rozwijające się miasto posiadało parafię św. Trójcy powołaną w 1918 r. W drugiej połowie XX w. rosnąca liczba wiernych spowodowała rozpoczęcie starań o powołanie nowej parafii oraz budowę nowej świątyni. Zgodę na wzniesienie kościoła przy ulicy 11 Listopada wydał w 1984 r. ówczesny prezydent Warszawy. Budowa trwała w latach 1986-1993. Autorem projektu architektonicznego był Jerzy Kuźmienko, który współpracował z inżynierem Andrzejem Krawczyniem. Projekt wnętrza pochodził z pracowni specjalizującego się w sztuce sakralnej krakowskiego artysty Macieja Kauczyńskiego.
Kościół Miłosierdzia Bożego, który takie wezwanie otrzymał, wyróżnia się wśród otaczającej go zabudowy wysoką, nietypową wieżą zwieńczoną trzema krzyżami, z trzema dzwonami i postacią Chrystusa umieszczoną na białej ścianie frontowej.