Wieś Pierzchały (prus. Potilkov, niem. Pottekau) lokowano w 1311 r. 30 lat później biskup warmiński Herman z Pragi powołał do istnienia kapitułę, której pierwszą siedzibą były najprawdopodobniej Pierzchały. Niedługo później przeniesiono ją do Głotowa i Dobrego Miasta, gdzie istniała do 1810 r. Wcześniej Pierzchały były miejscem kultowym pogańskich Prusów, o czym świadczą znaleziska archeologiczne.
Po kapitule pozostała prostokątna, ceglana, orientowana świątynia w zasadniczej bryle ukończona w 1341 r. (to jeden z najstarszych kościołów Warmii). Wiek później dobudowano kaplice (dobudówki widoczne na zdjęciu) i murowaną podstawę wieży, wykończoną w XVIII w. konstrukcją drewnianą. Wyposażenie kościoła było bogate i w całości barokowe (zachowały się tylko elementy gotyckie, zwłaszcza kamienna chrzcielnica). Niemal w całości zostało zniszczone lub rozproszone po roku 1945.
Pod koniec wojny budynek doznał pewnych zniszczeń, lecz początkowo pozostawiony bez opieki, a w 1959 r. zamieniony na magazyn rolny - uległ dewastacji. Zwrócono go Kościołowi katolickiemu w roku 1990 i wówczas został odbudowany (prace ukończono w 1999). Na przykościelnym cmentarzu zachowało się kilka nagrobków mieszkańców wsi sprzed 1945 r.