Nazwa miejscowości wywodzi się od rosnącej niegdyś obficie na tych terenach trującej rośliny, zwanej "ciemiernik". Osada była notowana w źródłach już w XIV w., ale tzw. złoty okres dla Czemiernik rozpoczął się około 1509 r., gdy właścicielami okolicznych dóbr stali się Firlejowie. Największą sławę Czemierniki zawdzięczają Henrykowi Firlejowi, biskupowi płockiemu, fundatorowi murowanego kościoła, przykościelnego szpitala dla ubogich oraz szkoły. Równocześnie trwały prace nad wzniesieniem okazałej renesansowej rezydencji, którą ukończono w 1624 r. Przetrwała w całkiem dobrym stanie do dzisiaj.
Jest to unikatowa budowla, reprezentująca klasycyzujący nurt architektury odrodzenia. Pałac usytuowany jest niezwykle malowniczo nad brzegiem jeziora, które było częścią systemu obronnego. Z pozostałych stron dostępu do rezydencji broniły fortyfikacje bastionowe. Całości dopełnia wspaniały budynek bramny z tzw. samborzem, czyli pomieszczeniem dla straży. Wewnątrz obwarowań znajdował się ogród, uważany za jeden z najokazalszych w ówczesnej Rzeczypospolitej.
W czemiernickim pałacu schronił się swego czasu król Zygmunta III Waza z rodziną i dworem, kiedy uciekał przed panującą w Krakowie zarazą. W czasie wojny polsko-szwedzkiej Czemierniki zostały doszczętnie splądrowane przez Szwedów, ale obwarowanego pałacu nie udało im się zdobyć.
Ostatnim, przedwojennym dziedzicem majątku był hrabia Karol Raczyński, który rzadko odwiedzał swój majątek. Częściej przebywał tu jego syn Roger, znany w okresie międzywojennym popularyzator automobilizmu.
Obecnie założenie pałacowo-parkowe z murami obronnymi zostało odzyskane przez spadkobierców ostatnich przedwojennych właścicieli, reprezentowanych przez hrabiego Stefana Dembińskiego. Być może nadchodzą lepsze czasy dla szacownej warowni. W najlepszym stanie znajdują się pałac oraz brama wjazdowa. Dużo gorzej próbę czasu przetrwały inne zabudowania gospodarcze, park oraz mury obronne.