W dniach 13-15 września 1939 roku, stoczono tu jedną z najkrwawszych i najbardziej zaciętych bitew Kampanii Wrześniowej. 14 września 1939 r. pod wsią Wola Wodyńska doszło do bitwy żołnierzy Wojska Polskiego z batalionu 6 pułku piechoty 1 Dywizji Piechoty Legionów z niemieckim 22 pułkiem piechoty dywizji „Kempf”.
Niemcy po wcześniejszym zgrupowaniu mieszkańców wsi i trzymaniu ich pod strażą, przygotowali zasadzkę na wycofujących się żołnierzy z 1DP. Polacy znaleźli się w okrążeniu i podjęli próbę przebicia się na południe lecz ponieśli ciężkie straty. Udokumentowano 237 zabitych po stronie polskiej, 109 szeregowców, 58 oficerów i podoficerów. 70 z nich pozostało bezimiennych. Wśród poległych znaleźli się zarówno Polacy jak i Litwini oraz Żydzi, bo 1DP była formowana w Wilnie. Po stronie Niemieckiej straty wyniosły około 46 zabitych i 120 rannych.
Po ustaniu działań bitewnych okoliczni mieszkańcy zebrali z pobojowisk ciała poległych żołnierzy polskich i pochowali na skraju wsi, tam gdzie toczyła się bitwa. Teren cmentarza został ogrodzony drewnianym płotem a nad mogiłami został ustawiony dębowy krzyż. Prace sfinansował właściciel majątku z pobliskich Nowin – Henryk Werner – były legionista i oficer WP.
Tuż po II wojnie światowej, ówczesne władze powiatowe przystąpiły do uporządkowania miejsca pochówku. Według relacji mieszkańców wsi, dokonano ekshumacji zwłok. Mogiły otrzymały betonowe krzyże z tabliczkami znamionowymi rozpoznanych nazwisk żołnierzy. Wykonano też z cegieł, nowe ogrodzenie cmentarza. W centralnym miejscu cmentarza został wzniesiony pomnik.
W latach 80-tych XX wieku na terenie cmentarza został postawiony dużych rozmiarów krzyż dębowy a organizacje kombatanckie zwieńczyły głowę orła znajdującego się na pomniku – koroną. W latach 90-tych zaś obok pomnika została wykonana pamiątkowa tablicy i obelisk upamiętniający poległych w Katyniu.
Bitwa pod Wolą Wodyńską została wpisana do oficjalnego kalendarza Europejskich Dni Dziedzictwa - największego w Europie projektu społecznego i edukacyjnego, najważniejszego święta zabytków kultury Starego Kontynentu.