Najcenniejszym obiektem w kościele farnym p.w. św. Tomasza Apostoła jest figura Matki Boskiej Łąkowskiej z Dzieciątkiem. Obecnie ubrana jest w bogato zdobioną, barokową sukienkę z pozłacanego srebra. Okalają ją liczne wota składane w podzięce za doznane łaski. W 1882 roku figurę przeniesiono ze spalonego klasztoru franciszkanów-reformatów w pobliskich Łąkach Bratiańskich. . Klasztor łąkowski nazywano „Pruską Częstochową”, bo pielgrzymki do niego liczyły nawet kilkadziesiąt tysięcy ludzi. W 1750 roku papież Benedykt XIV wydał edykt zezwalający na koronację Matki Boskiej Łąkowskiej. W nocy 5/6 maja 1882 roku piorun uderzył w wieżę łąkowskiego kościoła. Z pożaru udało się uratować jedynie figurę Matki Bożej.
Figura Matki Boskiej Łąkowskiej umieszczona jest w centralnym miejscu ołtarza głównego nowomiejskiej świątyni. Zasłonięta jest ona obrazem, podnoszonym w czasie niedzielnych mszy oraz innych uroczystości.
W kruchcie świątyni znajdują się niecodzienne elementy architektoniczne - wsporniki łuków sklepienia mają kształt ludzkich główek, które wykrzywione w diabelskich grymasach stanowiły wyraźny znak dla sił nieczystych, że tu zaczyna się strefa sacrum i gdzie nie mają one wstępu. Wnętrze bazyliki to niesamowite połączenie sztuki gotyckiej, renesansowej i barokowej.
Najstarszym zabytkiem nowomiejskiej świątyni są dekoracje malarskie z XIV wieku. Znajdują się one w najstarszej części prezbiterium i przedstawiają 13 postaci świętych, Doktorów Kościoła i czterech ewangelistów. Niedawno przeprowadzona konserwacja malowideł przywróciła im dawny blask.
Na ścianie nawy głównej, znajduje się gotycka polichromia z drugiej połowy XV wieku przedstawiająca Chrystusa Ukrzyżowanego. Ostrołukowa wnęka obramowana jest liściastymi gałązkami identycznymi jak obramowania żeber sklepiennych. Między nawą główna a prezbiterium umieszczony jest łuk tęczowy. Od czasów średniowiecznych na belkach łuków znajdowały się zawsze grupy „Ukrzyżowania”. Po bokach umieszczono figury Matki Boskiej, św. Jana i czterech aniołów.
Nowomiejska XIV-wieczna świątynia posiada największy w Polsce zespół malowideł ściennych. Powstawały one w średniowieczu i w latach 1600-1650, fundatorem tych późniejszych był wojewoda chełmiński Paweł Działyński. Malowidła pokrywają ściany prezbiterium, jak też nawy głównej. Przedstawiają różnorodne obrazy o treści moralizatorskiej i historycznej. W drugim przęśle północnej ściany nawy głównej przedstawiono oblężenie miasta przez Szwedów w 1628 roku. Miasto – jak wierzono i co przedstawiono na malowidle - nie zostało zdobyte przez wroga dzięki opiece Matki Boskiej. Trzecie przęsło zawiera scenę z Chrystusem nauczającym w świątyni oraz postacie Mojżesza i Aarona, zaś w czwartym ukazano Chrystusa wręczającego klucze św. Piotrowi, wyobrażonemu jako pasterz wśród owiec, z towarzyszącymi mu po bokach dwiema nierozpoznanymi postaciami, być może prorokami.
Na ścianie południowej znajdują się również sceny moralizatorskie (m. in. Nauka Dobrego Umierania) oraz postacie świętych. Tu znajduje się też jeden z najbardziej tajemniczych elementów nowomiejskiego kościoła - jedna ze służek sklepienia nawy głównej kończy się zupełnie inaczej niż pozostałe, ma postać siedzącej figurki brodatego mężczyzny. Z dużym prawdopodobieństwem można stwierdzić, że jest to przedstawienie budowniczego świątyni, który w ten sposób chciał przekazać swój wizerunek następnym pokoleniom.
Wnętrze bazyliki zdobi kilkanaście ołtarzy z XVII i XVIII wieku. Późnorenesansowe ołtarze św. Mikołaja oraz Trójcy Świętej ufundowali Paweł Działyński i jego żona Jadwiga na początku XVII wieku. Inne ołtarze (św. Walentego, św. Tomasza, św. Józefa, Ostatniej Wieczerzy) to fundacje ks. J. Ewertowskiego z I ćwierci XVIII wieku. Niektóre z nich są wotami dziękczynnymi za ustanie dżumy w mieście i okolicy Nowego Miasta. Łącznie na wszystkich ołtarzach nowomiejskiej bazyliki znajduje się ponad 40 figur świętych.
Na początku nawy głównej znajduje się późnorenesansowy chór i organy z początku XVII wieku, ufundowane między innymi przez Pawła Działyńskiego. Centralnie umieszczona jest na nim figura św. Michała Archanioła ciskającego gromy oraz portrety czterech fundatorów. W nawie głównej znajduje się również ośmioboczna ambona, datowana na około 1650 rok, z baldachimem zwieńczonym XV- wieczną gotycką figurą przedstawiająca Chrystusa zmartwychwstałego. Na zapleczu ambony widoczna jest postać Boga Ojca, przemawiającego do św. Piotra. Tekst umieszczony jest pionowo i czytany z góry na dół.
Na sklepieniu ostatniego przęsła nawy południowej umieszczone są symbole czterech ewangelistów: św. Łukasz – byk, św. Jan – orzeł, św. Marek - lew, św. Mateusz – anioł. Ich powstanie datuje się na 1450 rok. Z II połowy XV wieku pochodzi polichromia przedstawiającą „Dobrą i złą modlitwę”.
Na sklepieniu ostatniego przęsła nawy południowej umieszczone są symbole czterech ewangelistów: św. Łukasz – byk, św. Jan – orzeł, św. Marek - lew, św. Mateusz – anioł. Ich powstanie datuje się na 1450 rok. Z II połowy XV wieku pochodzi polichromia przedstawiającą „Dobrą i złą modlitwę”.
Na sklepieniu ostatniego przęsła nawy południowej umieszczone są symbole czterech ewangelistów: św. Łukasz – byk, św. Jan – orzeł, św. Marek - lew, św. Mateusz – anioł. Ich powstanie datuje się na 1450 rok. Z II połowy XV wieku pochodzi polichromia przedstawiającą „Dobrą i złą modlitwę”.
Na ścianie północnej kaplicy znajduje się nagrobek wojewody Mikołaja Działyńskiego. Wykonany z czerwonego i czarnego marmuru, przedstawia modlącego się pod krzyżem rycerza w pełnej zbroi. Zwraca uwagę scena rozgrywająca się w tle, gdzie ukazano tłum żołnierzy i Chrystusa dźwigającego krzyż. Nie jest to jednak Jerozolima, gdyż na wzgórzu za miastem widać wiatrak. Przypuszcza się, że twórcą nagrobka był Abraham van den Block, pochodzący właśnie z Niderlandów.
Gotycka grupa z początku XV wieku pierwotnie obejmowała około 10 postaci. Do naszych czasów zachowały się jedynie figura Chrystusa i Szymona Cyrenejczyka, ubranego w strój chłopski. W okresie Wielkiego Postu wszystkie figury ustawiano pośrodku kościoła, tworząc misterium pasyjne. Nieznany twórca rzeźb, związany był prawdopodobnie z warsztatami francuskimi. Ciekawostką jest fakt, że grupa nowomiejska kroczy w odwrotnym kierunku tj. z prawej strony w lewą, co spotyka się niesłychanie rzadko.
W nawie północnej bazyliki znajduje się grupa późnogotyckich polichromowanych rzeźb drewnianych, powstałych około 1500 roku, tworzących tzw. Pasję. Przedstawiają one Chrystusa na krzyżu, Matkę Boską i św. Andrzeja. Postać ukrzyżowanego jest niesamowicie ekspresyjna, pełna bólu i cierpienia. Kontrastuje z nią figura Matki, pełna spokoju i zadumy. Pasja nowomiejska zaliczana jest do dzieł najwyższej klasy artystycznej.
Na zakończeniach obu naw bocznych, od strony prezbiterium umieszczone są „bramy tryumfalne”. Mają one kształt wolnostojących kolumn połączonych łukiem z festonami na których umieszczono sceny alegoryczne z łacińskimi podpisami. Oba te łuki ufundował ks. Jan Ewertowski.