Kościół parafialny w Iwoniczu wzniesiono z fundacji dziedzica Marcina Iwanickiego, zwanego Otosławskim w roku 1464. Zarówno Iwonicz jak i kościół nie omijały różne nieszczęścia. Ok. 1565 r. zamieniony został na zbór protestancki i jako taki funkcjonował do początku l. 30. XVII w. W 1624 r. na miejscowość napadli Tatarzy paląc całą wieś z dworem i plebanią. Kościół doszczętnie okradziono i zdemolowano.
Powoli zaczął „stawać na nogach”, dobudowano do pn. ściany murowaną zakrystię ze skarbczykiem oraz izbicową wieżę, kiedy przechodzące przez Iwonicz dowodzone przez Jerzego II Rakoczego wojska i hordy kozackie doszczętnie go splądrowały i obrabowały. Kolejny kataklizm nawiedził to miejsce w 1696 r. kiedy podczas oberwania chmury kościół został zalany „do wysokości średniego człowieka”.
Z końcem XIX w. z inicjatywy ówczesnych właścicieli Iwonicza, rodziny Załuskich, świątynia przeszła znaczny remont w wyniku, którego przedłużono nawę, przesunięto wieżę bardziej ku zachodowi, dobudowano do bocznych ścian nawy dwie symetryczne kaplice i do ściany prezbiterium dostawiono kaplicę z przeszkloną lożą od strony świątyni poświęconą rodzinie Załuskich. Mimo tych zmian zachowany został gotycki układ kościoła.