Sanktuarium Matki Bożej Nauczycielki Młodzieży znajduje się przy ulicy Gwintowej 3 na Siekierkach w Warszawie (nad Wisłą w sąsiedztwie Trasy Siekierkowskiej). Historia sanktuarium rozpoczęła się w czasie II wojny światowej, kiedy to 3 maja 1943 roku, dwunastoletniej Władzi po raz pierwszy objawiła się Matka Boża. Objawienia trwały do 15 września 1949 roku.
Matka Boża dodawała otuchy i nadziei udręczonym wojną mieszkańcom Warszawy oraz wzywała ich do modlitwy, nawrócenia i wierności nauce Chrystusa. W miarę trwania objawień, coraz większa grupa wiernych gromadziła się przy drzewku wiśni, na tle której mała dziewczynka widziała Matkę Bożą.
W miejscu objawień wierni urządzili kapliczkę. Pierwotnie umieszczono ją na pniu drzewa, a następnie wzniesiono budynek z gruzów pochodzących ze zburzonej Warszawy. Kapliczka była kilkakrotnie rozbudowana. Rozwojowi kultu na Siekierkach sprzyjał prymas Polski Stefan kardynał Wyszyński. Prywatnie wielokrotnie odwiedzał to miejsce.
Pierwsza msza święta na miejscu objawień odbyła się 3 maja 1977 roku. Odtąd Eucharystia była tu sprawowana przede wszystkim w święta maryjne. W 1980 roku prymas Wyszyński przekazał cały teren Zakonowi Pijarów. W 1988 roku została erygowana parafia pw. NMP Królowej Wyznawców. 17 września 1994 roku kolejny prymas - Józef Glemp poświęcił nowo wybudowany kościół, a 31 sierpnia 1997 roku podniósł go do rangi sanktuarium, nadając wezwanie Matki Bożej Nauczycielki Młodzieży. 29 sierpnia 1999 roku prymas poświęcił rozbudowaną kaplicę.