Zajmuje prawie 75 tys. ha powierzchni, w której lasy Puszczy Knyszyńskiej stanowią ponad 82%. Tak jak w innych puszczach północno-wschodniej Polski, przeważają tu bory sosnowe i świerkowe, podobne do spotykanych w południowej tajdze. Puszcza słynie z dobrego stanu zdrowotnego drzew. Nigdy nie wprowadzano tu obcych gatunków - ani w przeszłości, ani tym bardziej obecnie. To niespotykane w innych lasach Polski.
Odnowienia dokonuje się od lat z sadzonek wyhodowanych z nasion miejscowych drzew. Przystosowane do lokalnych warunków gatunki są odporne na zagrożenia, ich drewno jest dobrej jakości, a swoją okazałością cieszą oko turysty. Znane i cenione w tartakach "sosny supraskie" używane były dawniej do sporządzania masztów na żaglowcach.
Mniej wyrazista niż na Suwalszczyźnie, ale również bardzo ciekawa rzeźba terenu Puszczy Knyszyńskiej zaskakuje rozmaitością form polodowcowych. Wysokości ponad 200 m n.p.m. osiąga w pobliżu Królowego Mostu wał moreny czołowej, zwany Wzgórzami Świętojańskimi. Wyraźnie dominuje nad rozdzielanymi dolinami Supraśli i Płoski, wznosząc się ok. 80 m nad okolicę.
Na terenie puszczy występuje ponad 400 naturalnych źródeł, które zapewniają obfitość wód tutejszym rzekom. Dzięki temu nawet na niewielkich ciekach, o nazwach niewiele mówiących większości Polaków, można organizować atrakcyjne spływy kajakowe. Szlakami wodnymi oprócz głównej rzeki puszczy - Supraśli, są też Sokołda, Płoska i Słoja.
Puszcza Knyszyńska to jeden z pięciu polskich mateczników żyjącego na wolności żubra. Tutejsze stado szacuje się na ponad 20 sztuk. Spotkać tu można także okazałe jelenie, wilki i rysie. W dolinach rzek jest wiele śladów pracowitej obecności bobrów. Cała puszcza razem z bagienną doliną Supraśli pomiędzy Gródkiem a Michałowem stanowi rozległy (ponad 130 tys. ha) obszar chroniony należący do unijnej sieci Natura 2000.
Istnienie w naszym kraju tego rodzaju ponadnarodowej formy ochrony naturalnego środowiska wynika z przynależności do Unii Europejskiej. Wymaga tego również nadrzędny akt podpisanej przez władze europejskie tzw. Konwencji z Rio z 1992 r., dotyczący zachowania i ochrony przyrody całej Ziemi. Sieć Natura 2000 to obszary specjalnej ochrony ptaków (OSO) i specjalne obszary ochrony siedlisk (SOO). OSO Puszcza Knyszyńska to element europejskiej sieci, którego celem jest ochrona lokalnych gatunków ptaków i ich siedlisk. Skuteczność tej ochrony będzie weryfikowana, a ewentualne zaniedbania, skutkujące np. zmniejszaniem się populacji gatunków ptaków z oficjalnej listy, będą karane sankcjami finansowymi nakładanymi na Polskę. Przyczyniając się do niszczenia rodzimej przyrody, możemy pośrednio odczuć to później na własnej kieszeni!