Kiedy w XVI wieku rozpoczęła się era luterańskiej reformacji kościoła, objęła swoim zasięgiem także obszar Dolnego Śląska. Powstające gminy ewangelickie przejmowały na swoje potrzeby kościoły katolickie. Po religijnych wojnach i podpisaniu Traktatu Westfalskiego nakazano zwrot katolikom kościołów na terenach karkonoskich. Ewangelicy pozbawieni świątyń odbywali swoje nabożeństwa w różnych miejscach, które gwarantowały im bezpieczeństwo.
W Miłkowie zezwolenie na budowę zboru ewangelicy otrzymali dopiero po decyzji króla Prus Fryderyka Wielkiego. Miało to miejsce w 1742 r. Kościół okazał się zbyt mały i w jego miejscu w latach 1754-1755 r. wzniesiono nową świątynię. Od połowy XVIII wieku ewangelickiemu kościołowi w Miłkowie towarzyszył duży cmentarz. Przez prawie dwa stulecia był miejscem ostatniego spoczynku kolejnych pokoleń ewangelików z Miłkowa i okolic. Po 1945 r. i wyjeździe niemieckich mieszkańców zarówno opuszczony kościół, jak i cmentarz ulegały powolnemu niszczeniu.
Dziś świątynia jest ruiną pozbawioną dachu. Na cmentarzu, który dziś jest komunalną nekropolią, zebrano ocalałe nagrobki tworząc niewielkie lapidarium. Cmentarz ewangelicki od 29 grudnia 1988 r. jest prawnie chronionym zabytkiem (decyzja konserwatora zabytków nr 925/J, identyfikator NID ID 592116).