Podwilk to wieś wcześniej wymieniana jako Orawka pod Wilkiem, powstała w końcu XVI wieku w dobrach rodu Thurzonów. Nobilitowany za tłumienie powstania antyhabsburskiego (Powstanie Bocskayego) ród Wilczków oraz katolickie społeczeństwo okolicznych wsi uzyskało zgodę na wybudowanie we wsi kościoła parafialnego. Szybko jednak okazało się, że zasada czyja władza tego religia została tutaj zastosowana. Wybudowany drewniany kościół w większości z darów, pracy i poświęcenia katolickiego społeczeństwa z nakazu rodu Thurzo stał się protestancką farą.
Historyczne archiwa wymieniają 160 katolików i 10 protestantów zamieszkałych w Podwilku. Protesty mieszkańców, ich nielegalne przekraczanie granicy zakończyły się ostatecznie w roku 1687 kiedy protestancki zbór zamieniono na kościół katolicki. Ta drewniana świątynia służyła wiernym do połowy XVIII wieku. Wówczas to w miejsce dawnego wybudowano obecny późnobarokowy, murowany, orientowany kościół.
Prezbiterium zamknięte jest półkoliście z boczną zakrystią. Wejście główne wiedzie przez kwadratową trzykondygnacyjną wieżę. Hełm wieży z latarnią. Świątynię nakrywa blaszany dwuspadowy dach z wieżyczką na sygnaturkę. Nawę główną dzielą filary, na których wsparte są empory boczne łączące się z chórem muzycznym. Pod emporami utworzono pozorne nawy boczne.
Polichromia wnętrza kościoła jest dziełem krakowskiego artysty Józefa Nawałki. Nad wejściem do zakrystii znajduje się stiukowa, polichromowana płaskorzeźba św. Izydora w stroju pasterskim. Ten element wystroju kościoła nosi oryginalne datowanie roku 1767 i ta data przyjmowana jest za końcową budowy kościoła.
W roku 1970 kościół wizytował kardynał Karol Wojtyła.
W Podwilku warto zwrócić uwagę na wiele rzeźb kamiennych, te datowane na XVIII wiek to: Św.Anna, Pieta, Matka Boska z Dzieciątkiem. Tu w Podwilku znajduje się stary kirkut i jest on jedynym na Orawie judaistycznym zabytkiem.