Jeszcze na początku II wojny światowej kościół św. Jakuba posiadał pięć dużych dzwonów, każdy z nich miał swojego patrona i nie trudno się domyśleć że jeden z nich przypisany był św. Jakubowi. Niestety w latach 1942-43 władze hitlerowskie przystąpiły do demontażu wszystkich dzwonów w Olsztynie i na całym terenie w celu pozyskiwania cennych i potrzebnych surowców. Z demontażem w katedrze związana jest jednak smutna historia; nie mogąc znaleźć specjalistycznych robotników do tej operacji swoja pomoc zaoferował marynarz Kriegsmarine. Niestety wskutek braku umiejętności jeden z dzwonów zerwał się i przez szyb dzwonniczy spadł na posadzkę. Upadający dzwon uszkodził fragment stropu i posadzkę, rozpadł się na dwie części oraz ranił śmiertelnie marynarza. Dzwonem który dokonał tego spustoszenia był właśnie dzwon św. Jakuba, dlatego bardzo szybko miejscowa ludność ogłosiła iż była to kara niebios za świętokradczą grabież. Otwór szybu dzwonniczego znajduje się tuz przy głównym wejściu do katedry.